Auf ihrer konstituierenden Sitzung für die nächste Amtsperiode 2004 bis 2009 hat die Deutsche Kommission Justitia et Pax am 8./9. Oktober 2004 in Bonn Bischof Dr. Reinhard Marx in seinem Amt als Vorsitzender bestätigt. Weiter wurden Prof. Dr. Barbara Krause und Dr. Stefan Vesper, entwicklungspolitische Sprecherin und Generalsekretär des Zentralkomitees der deutschen Katholiken (ZdK) als stellvertretende Vorsitzende in den Vorstand wiedergewählt sowie Prof. Dr. Josef Sayer, Hauptgeschäftsführer Misereor, Aachen, und Pater Dr. Hermann Schalück, Präsident von Missio Aachen.
Es wurde beschlossen, einen der Arbeitsschwerpunkte auf das Konzept der Religionsfreiheit zu legen, um dem oftmals problematischen und einseitigen Umgang mit diesem grundlegenden Menschenrecht sowohl auf politischer als auch auf kirchlicher Seite zu begegnen. Im Sachbereich Frieden soll es schwerpunktmäßig um Gewalt und Religion gehen. Angesichts einer zunehmenden Zahl von religiös aufgeladenen oder überformten Konflikten sollen Wege gesucht werden, sachgerecht und wirksam auf die Funktionalisierung von Religion in Konfliktsituationen zu reagieren. Zu den UN-Millenniumszielen will Justitia et Pax im Sachbereich Entwicklung einen eigenen Beitrag erbringen zu informeller Wirtschaft und Kernarbeitsnormen, Partizipation und zur entwicklungsgerechten Gestaltung des Agrarhandels.
Die Präsidentschaft der Europäischen Konferenz Justitia et Pax, die die Deutsche Kommission vom September 2005 bis 2008 übernehmen wird, bringt die Herausforderung mit sich, die Verständigung zwischen der wachsenden Zahl mittel- und osteuropäischer Kommissionen und den west- und südeuropäischen zu vertiefen, eröffnet aber auch vielfältige Chancen zur Mitgestaltung der europäischen Politik.
Als Moderator des Sachbereichs Entwicklung wurde DDr. Johannes Wallacher vom Institut für Gesellschaftspolitik an der Hochschule für Philosophie, München berufen, im Sachbereich Frieden wird diese Aufgabe weiter Prof. Dr. Thomas Hoppe, Universität der Bundeswehr, Hamburg und im Sachbereich Menschenrechte Dr. Heiner Bielefeldt, Direktor des Deutschen Instituts für Menschenrechte, Berlin wahrnehmen.
Als neue Mitglieder hatte Kardinal Lehmann, Vorsitzender der Deutschen Bischofskonferenz, in die Kommission berufen: Dr. Heinz-Gerhard Justenhoven vom Institut für Theologie und Frieden, Barsbüttel; Pfarrer Bernd Klaschka, Geschäftsführer der Bischöflichen Aktion Adveniat; Generalleutnant Karl-Heinz Lather, stellvertretender Befehlshaber der NATO Component Command-Land, Heidelberg; Andreas Mauritz, BDKJ-Bundespräses; Msgr. Dr. Peter Neher, Präsident des Deutschen Caritasverbandes; Michael Steeb, Geschäftsführer der Arbeitsgemeinschaft für Entwicklungshilfe (AGEH); Prof. Dr. Heinz-Günther Stobbe, Systematische Theologie und theologische Friedensforschung im Fach Katholische Theologie, Universität Siegen sowie DDr. Johannes Wallacher, Institut für Gesellschaftspolitik an der Hochschule für Philosophie, München.